Не «задохнется» ли дерево – стропила под паронепроницаемой фольгированной облицовкой теплоизоляцией ПИР?

Это может произойти только если дерево полностью обернуть паронепроницаемым материалом, например, пленкой. 

В данном случае осуществляется хорошее проветривание и удаление влаги с нижней стороны.